Bezpośrednią przyczyną awarii rurociągu, która nastąpiła 10 grudnia 2007, roku pod dnem Wisły, na wysokości wsi Winduga, było pęknięcie spoiny poprzecznej łączącej odcinki rur - ustaliła interdyscyplinarna komisja z PERN „Przyjaźń” na podstawie wielu ekspertyz, badań i prac przygotowawczych. Komisja wypracowała też wnioski, które mają zapobiec takim sytuacjom w przyszłości.

Rada nadzorcza PERN „Przyjaźń” zatwierdziła 19 sierpnia nowy regulamin i schemat organizacyjny przedsiębiorstwa.  Dzień później, zarząd spółki podjął decyzję, że nowy schemat wchodzi w życie od 21 sierpnia 2008.

Wprowadzenie nowego regulaminu organizacyjnego i schematu nie kończy prac nad restrukturyzacją firmy. Będzie to proces ciągły zmierzający do osiągnięcia jak największej przejrzystości i efektywności działania.

Nowy schemat organizacyjny zmniejsza liczbę pionów o połowę, upraszcza obieg dokumentów, zwiększa transparentność przedsiębiorstwa.

Sąd Apelacyjny w Warszawie 26 sierpnia uchylił do ponownego rozpoznania wyrok sądu pierwszej instancji dotyczący roszczeń Konsorcjum Prochem-Megagaz wobec PERN „Przyjaźń” o zapłatę 41,3 mln zł (tytułem wynagrodzenia za realizację umowy dotyczącej budowy III nitki rurociągu), oraz pozwu wzajemnego PERN-u wobec Konsorcjum Prochem-Megagaz na kwotę 105 mln zł (tytułem rozliczenia nienależycie wykonywanej umowy). Sąd Apelacyjny utrzymał też wyrok sądu pierwszej instancji w części oddalającej roszczenia Konsorcjum Prochem-Megagaz - związane z przejęciem zobowiązań z tytułu gwarancji i rękojmi - na kwotę 22,8 mln zł. Jednocześnie Sąd Apelacyjny nakazał sądowi pierwszej instancji, aby przy ponownym rozpatrywaniu sprawy dokonał rozliczenia inwestycji.